Genómica
15/04/13 15:41

El genoma del lince vive en una bacteria: las genotecas

Proceso para introducir nuevo ADN en una bacteria.
Proceso para introducir nuevo ADN en una bacteria.

Conservar el genoma para trabajar con él a lo largo del tiempo es complicado, dado que las células mueren y con ellas el ADN. Los científicos descubrieron que se pueden mantener trozos del genoma dentro de otro ser vivo sin que esto les afecte. Son las bacterias las que sirven de 'huésped' al peculiar inquilino genético.

Estos organismos unicelulares son capaces de mantener sus funciones y su comportamiento pese a tener dentro un trozo de genoma ajeno al suyo propio. Para que la bacteria lo ignore por completo y siga como si nada hubiera ocurrido, el fragmento extraño se inserta en los llamados fósmidos , que son moléculas de ADN extra-cromosómico que se replican y transcriben independientes del ADN cromosómico principal.

La ventaja de trabajar con bacterias es doble, ya que pueden congelarse sin problema y se reproducen con gran facilidad, garantizando de esta forma que los trozos del genoma que se guardan estén siempre disponibles. El conjunto de todas las bacterias que contienen cada una un fragmento distinto del genoma de un animal es lo que se denomina 'genoteca'. En la actualidad este tipo de 'bibliotecas vivientes' almacenan el material genético de seres tan distintos como el humano, el ratón o el ciervo, además de plantas o insectos.... Y también el del lince. La delicada tarea de introducir los trozos de ADN del felino más amenazado del mundo en el interior de bacterias la ha realizado el equipo científico de José Luis García en el Centro de Investigaciones Biológicas del CSIC en Madrid.

Esta biblioteca tiene una particularidad: está por completo desordenada. Los 'libros' no están clasificados, es decir, que el genoma se fragmenta al azar y se almacena sin que se conozca qué información hay en cada uno de los trozos. Su utilidad surge más tarde, cuando el científico ya tiene identificada la información genética con la que necesita trabajar. Sabe qué está buscando en el genoma y existen técnicas que permiten localizar el fragmento específico en la biblioteca –la bacteria en cuyo interior se encuentra el fragmento adecuado--, recuperar el material genético y trabajar con él.

Además de preservar el genoma para la posteridad, estas genotecas están ayudando a la secuenciación del genoma del lince ibérico de dos maneras distintas. Por un lado, se analizan e identifican los extremos de estos fragmentos obteniendo secuencias separadas por una distancia conocida, la longitud del fragmento utilizado , que es estándar, concretamente 40.000 pares de bases en el caso de los fósmidos.

Por otra parte, la secuenciación de lotes conteniendo un número limitado de estos fragmentos para luego tratar de ordenarlos reduce mucho la complejidad del ensamblaje, al representar sólo una fracción pequeña del genoma en forma de fragmentos contiguos de 40.000 pares de bases, y al estar representada una sola versión de cada región, la materna o la paterna. Estas ventajas facilitan enormemente el ensamblaje de las secuencias cortas obtenidas en fragmentos grandes y continuos, el gran reto de la secuenciación de genomas complejos con las nuevas tecnologías de secuenciación.

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En vanguardia

Genómica quiere decir vanguardia tecnológica. Tecnología punta y ya no tan cara. El primer paso se dio al leer los cerca de las 3.000 millones de 'letras' que forman el genoma humano. De eso hace diez años y con ello se abrió un nuevo mundo de posibilidades para la biología, la medicina y también a las ciencias que estudian la evolución de las especies.

En una década la evolución exponencial que ha experimentado la tecnología de la genómica ha permitido reducir sustancialmente los costes de secuenciación genética, lo que ha permitido ampliar el abanico de especies analizadas. El genoma del panda fue desentrañado en 2010 y en la actualidad científicos de todo el mundo persiguen el objetivo de secuenciar más de 10.000 especies de vertebrados para estudiar su evolución.

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