Genómica
20/10/16 22:26

Domino: la aplicación informática que permite estudiar la diversidad genética en el genoma

De izquierda a derecha, los expertos Miquel A. Arnedo, Cristina Frías, Julio Rozas, Sara Guirao, Alejandro Sánchez y José Francisco Sánchez en la Facultad de Biología de la Universidad de Barcelona. / UB

Una nueva aplicación creada por científicos españoles permite analizar la diversidad genética utilizando nuevos marcadores moleculares distribuidos a lo largo del genoma. ¿Que para qué es útil? Porque acelera un proceso que deben realizar todos los investigadores: seleccionar los marcadores que son más interesantes o adecuados para sus estudios.

DOMINO (Development Of Molecular markers In Non-model Organisms) es el nombre de esta nueva herramienta bioinformática que se ha presentado en un estudio publicado en la revista Bioinformatics, según informa la agencia SINC.

La ventaja de este software es la facilidad de uso gracias a una interfaz gráfica de usuario para que pueda ser empleado por investigadores sin grandes conocimientos bioinformáticos, combinado una alta flexibilidad, dado que permite su uso con una gran diversidad de tipos de datos de secuenciación masiva de ADN, también llamados de nueva generación (NGS).

"Tener la posibilidad de identificar nuevos marcadores o seleccionar los más adecuados entre un conjunto de marcadores existentes es un paso previo en el trabajo científico de muchos investigadores, como por ejemplo en los estudios de filogenómica o filogeografía molecular que usan datos NGS. De hecho, hoy en día, disponer de muchos marcadores moleculares se convierte en un auténtico cuello de botella en muchas investigaciones", explica el catedrático Julio Rozas, que lidera el Grupo de Investigación en Genómica Evolutiva y Bioinformática de la Universidad de Barcelona, equipo integrante de la plataforma Bioinformatics Barcelona (BIB).

El trabajo científico para desarrollar esta aplicación ha sido coordinado por los profesores Julio Rozas, Miquel A. Arnedo y Alejandro Sánchez. Constata la necesidad de desarrollar aplicaciones bioinformáticas versátiles que puedan adaptarse a la gran velocidad con que progresan las tecnologías de secuenciación del ADN y su aplicación en estudios evolutivos.

Rozas explica que DOMINO es una aplicación muy útil en especial para aquellos científicos que usan tanto organismos modelo como no modelo. "Los organismos no modelo muestran más dificultades para el desarrollo de marcadores moleculares, ya que como su secuencia genómica no es conocida, resulta mucho más difícil disponer de un número suficiente de estos marcadores", añade.

Esta nueva herramienta informática es de interés potencial para impulsar las investigaciones en el campo de la filogenia molecular y la filogenómica (estudio de las relaciones evolutivas de varias especies cercanas), la filogeografía (los factores demográficos y selectivos responsables de la distribución actual de las especies), y la genética y genómica de poblaciones (determinación de los genes y las regiones genómicas afectados por diferentes mecanismos evolutivos, incluyendo los procesos demográficos y selectivos).

"En el futuro, esperamos que DOMINO también pueda emplear datos de NGS de nuevas tecnologías –actualmente utiliza secuencias de ADN de plataformas como 454 o Illumina–, además de trabajar con información proporcionada por nuevas aplicaciones experimentales, derivadas de los llamados RADSeq o de otras estrategias basadas en la secuenciación de una parte representativa del genoma", indica Rozas.

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