Investigación
29/05/14 15:05

El genome del lince: ya hay mapa, pero mudo

Los científicos españoles han logrado ensamblar el genoma y comienzan el proceso de identificación de sus partes
Los científicos de Lynxgenomics en el encuentro de Sevilla.
Los científicos de Lynxgenomics en el encuentro de Sevilla.

Los científicos de Lynxgenomics han logrado completar el ensamblaje del genoma del lince ibérico tras dos años de intenso trabajo, en los que se ha utilizado tecnología punta. Es decir, que ya se cuenta con un 'mapa' de la información genética del felino más amenazado del mundo. Sin embargo, se trata de un mapa 'mudo', es decir, que si fuera el de una ciudad no tendría una sóla referencia de calle o plaza, por lo que tiene poca utilidad aún.

Los investigadores trabajan ya en identificar sus diferentes partes en un proceso que se denomina 'anotación', lo que permitirá hacer comparaciones, análisis y asomarse a la historia de esta especie, según explica el coordinador del proyecto, José Antonio Godoy. Estos resultados se expusieron en un encuentro de coordinación que tuvo lugar en Sevilla y al que acudieron una veintena de científicos colaboradores de este proyecto.

El ensamblaje ha sido un reto importante que ha requerido un esfuerzo superior al inicialmente planteado, indica Godoy. Este proceso ha estado dirigido por los investigadores Tyler Alioto y Andre Corvello pertenecientes al equipo de Secuenciación y Anotación del Genoma del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG).

El resultado obtenido tras dos años de esfuerzo para procesar la información y de reconstrucción ha sido un genoma de gran calidad, cercano al del gato común aunque sustancialmente menos costoso. Esta primera versión obtenida tiene la característica de ser muy compacta y continua, de forma que más de la mitad del genoma del lince ibérico está formado por fragmentos de más de 1.5 millones de bases, un tamaño que se considera muy positivo, al igual que el que en el genoma se encuentren aquellos genes que se consideran comunes y fáciles de identificar. Para comprobar esto último, los científicos rastrearon la presencia de un pequeño número de genes que están presentes en todas las especies porque están involucrados en pprocesos esenciales como el metabolismo de la célula o el proceso de crear copias del ADN. Se encontraron más del 95% de estos genes básicos, lo que es un buen porcentaje.

El objetivo principal del proyecto Lynxgenomics es crear el genoma de la especie usando el ADN de Candiles, un lince de seis años procedente del núcleo de población existente en Andújar, en Andalucía. Además, se han secuenciado con un menor grado de calidad el ADN de otros 11 ejemplares, diez linces ibéricos y uno europeo, con el fin de poder hacer comparaciones y extraer conclusiones sobre la especie. Así, los científicos podrán analizar las variaciones entre especímenes y tener una visión más clara de la situación genética de este felino y diseñar planes de actuación sobre las poblaciones existentes para tratar de aumentar sus expectativas de supervivencia.

El proceso

En el caso del lince, crear el genoma no ha sido fácil, ya que el proceso de secuenciación planificado inicialmente y que se basaban en intentar ordenar fragmentos muy pequeños de ADN no fue no fue suficiente para obtener un 'mapa del ADN' con la calidad necesaria. Por tanto, los científicos tuvieron que recurrir a  estrategias novedosas y poco utilizadas hasta la fecha, como secuenciar fragmentos mucho más largos donde se identificaban las conexiones entre los extremos de forma que al ordenar estas secuencias sirvieran de guías, lo que se conoce como utilizar 'fósmidos'.

Al finalizar este trabajo, que ha sido "arduo, se ha logrado una versión de gran calidad con un coste y un esfuerzo de secuenciación limitados al aplicar aproximaciones muy nuevas a la secuenciación del genoma, que nos han sido de gran utilidad y que estoy seguro de que serán ampliamente utilizadas en un futuro", afirma Godoy.

En cuanto a la fase de anotación del genoma del lince, en ella intervendrán distintos equipos procedentes del Centro de Regulación Genómica (CRG), con Roderic Guigó y Cedric Notredame a la cabeza; el CNAG, con el grupo de trabajo de Tyler Allioto, y el CNIO, donde Alfonso Valencia es el responsable para Lynxgenomics.

Idiomas disponibles: Inglés
El genoma al completo

El principal objetivo de esta investigación es generar el primer genoma de un lince, que nos brindará una importante información sobre el mecanismo de transmisión de la información genética, la evolución de esta especie, el declive de su diversidad biológica y sus consecuencias.

Las piezas genéticas han sido identificadas en la EBD y mandadas a la CNAG, el organismo responsable de colocarlas en el orden correcto (secuenciación). Cuando se culmine el proceso en 2012 los científicos deberán afrontar un nuevo reto: interpretarlo y compararlo con los genomas de otros felinos.

Lynxexitu
 
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