Quiénes somos
11/06/12 11:30

El esfuerzo conjunto de más de treinta científicos

El equipo tras el encuentro en Sevilla.
El equipo tras el encuentro en Sevilla.

Un total de diez grupos de investigación españoles perteneciente a ocho instituciones y con más de 30 científicos están involucrados en Lynxgenomics, un proyecto para generar el primer mapa del genoma de un lince (el primer 'borrador anotado' del genoma del felino, como lo llaman los expertos). También pretenden crear un conjunto de marcadores que permitan analizar la información genética de ésta y otras especies.

La investigación está financiada por el CSIC y el banco de Santander a través de Proyectos Cero Especies Amenazadas, una convocatoria de ayudas en la que han competido iniciativas de toda España.

Para Lynxgenomics, especialistas en genómica y en biología han unido sus esfuerzos y conocimientos con el fin de lograr secuenciar el genoma del lince y abordar su estudio, un trabajo que se está desarrollando bajo la coordinación de la Estación Biológica de Doñana.

En concreto, participan en este proyecto el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), y el Centro de Regulación Genómica (CRG), el Centro de Investigaciones Biológicas CSIC (CIB), la Estación Biológica de Doñana CSIC (EBD), Primates Genomics Lab (IBE, CSIC-UPF),  el Grupo de Genómica de la Evolución (UPF-IMIM), el grupo de Biología Computacional Estructural del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) y el de Biología Molecular del Cáncer de Instituto Universitario de Oncología del Principado de Asturias, dependiente de la Universidad de Oviedo (IUOPA-UO).

 

Centro Nacional de Análisis Genómico -CNAG

  • Función: Generación de datos, ensamblado y anotación del genoma
  • Investigador responsable: Ivo Gut
  • Equipo: Tyler Alioto, André Corvelo, Leonor Frías, Paolo Ribeca, Simon Heath, Mònica Bayés y Marta Gut
  • El Centro Nacional de Análisis Genómico se creo en septiembre de 2009 con el apoyo del Gobierno de España y de la Generalitat de Cataluña. Su labor se centra en la ejecución de proyectos de secuenciación y análisis de ADN a gran escala, que lleva a cabo en colaboración con investigadores españoles y de la comunidad internacional con la intención de mejorar la competitividad del país en el área estratégica que constituye la genómica.

    Este centro –dirigido por Ivo Gut– tiene una plantilla de 40 personas con gran cualificación profesional (la mitad tienen el título de doctor), y cuenta con un equipamiento de 12 sistemas de secuenciación de última generación, lo que le otorga una capacidad de 600 Gbases/día, el equivalente a secuenciar seis genomas humanos treinta veces al día. Esto sitúa el CNAG como la segunda institución de referencia en Europa. Las operaciones de secuenciación está respaldada por una amplia infraestructura informática que ha sido diseñada, implementada y es administrada por el Centro de Supercomputación de Barcelona.

 

Bioinformática y Genómica –CRG

  • Función: Anotación del genoma, análisis del transcriptoma, comparación entre genomas
  • Investigador responsable: Roderic Guigó
  • Equipo: Francisco Cámara, Anna Vlasova, Ernesto Lowly, Luca Cozzuto
  • El grupo de Bioinformática y Genómica del CRG, liderado por Roderic Guigó, centra su labor en el desarrollo de métodos de identificación de áreas funcionales dentro de las secuencias genómicas y en la investigación de las causas que subyacen en ellas. Han desarrollado herramientas que se han convertido en estándares para localizar nuevos genes y para anotar los genomas.

    Roderic Guigó participa en el proyecto ENCODE, un consorcio público de investigación cuyo objetivo es encontrar los elementos funcionales dentro del genoma, y donde lidera el grupo de análisis de RNA. Este ha participado en diversos proyectos de genómica contribuyendo a la anotación de los mismos (mosquito, rata, vaca, pollo, Tetraodon, Dyctiostelium, el pulgón del guisante, tomate, melón, las doce drosophilas, numerosos hongos, etc). Además, conduce el proyecto del genoma del ratón.

 

Genómica Comparada –CRG

  • Función : Genómica comparada
  • Investigador responsable : Toni Gabaldón
  • Equipo : DMarina Marcet-Houben, Jose Luis Rodriguez-Ales y Salvador Capella-Gutierrez
  • El interés básico de este grupo es comprender las complejas relaciones entre las secuencias del genoma y los fenotipos y cómo ambas evolucionan en las distintas especies. Generalmente se usan aproximaciones filogenéticas a larga escala que permite analizar la evolución del genoma desde la perspectiva del conjunto de sus genes, y aplican este análisis para dar respuesta a una gran variedad de cuestiones biológicas relacionadas con la evolución y las funciones de las proteínas y orgánulos. Ellos han desarrollado una serie de herramientas bioinformáticas y bases de datos para el análisis de estas cuestiones que han encontrado amplio uso en la comunidad científica.

 

Bioinformática Comparada – CRG

  • Función: Anotar y estudiar los RNAs largos no codificantes (lncRNA)
  • Investigador responsable: Cedric Notredame
  • Equipo: Ionas Erb, Miquel Orobitg, Pablo Prieto
  • El foco principal del grupo es el desarrollo de nuevos algoritmos para la comparación de múltiples secuencias biológicas que incorporen cualquier señal biológica relevante tal como homología de secuencia, la semejanza estructural, estructura genómica, la similitud funcional y más en general, cualquier señal que pueda ser identificada dentro de las secuencias biológicas.

    El uso de tales señales heterogéneas tiene dos objetivos complementarios: ( i ) la producción de mejores modelos que se aprovechan de la capacidad de recuperación evolutiva de la señal,( ii ) mejorar nuestra comprensión de los procesos evolutivos que conducen a la diversificación de las funciones biológicas. Todas las aplicaciones relacionadas con el trabajo se proporcionan a la comunidad a través de una red internacional de servidores web que se puede acceder desde http://www.tcoffee.org.

 

Biotecnología Ambiental – CIB-CSIC

  • Función: Cultivo de células, genotecas genómicas
  • Investigador responsable: José Luis García
  • Equipo: Beatriz Galán
  • El grupo tiene una amplia experiencia en el campo de la bioquímica y de la microbiología molecular centrado en el catabolismo de los compuestos aromáticos generados por los microorganismos. Su investigación ha abordado la secuenciación de los genomas de bacterias y bacteriófagos. Más relevante para este proyecto es su experiencia con las tecnologías de secuenciación del ADN, un campo que inauguraron con la implantación del primer secuenciador de ADN automático en España. García ha creado dos empresas spin-off en el CSIC centradas en el análisis genómico (Lifesequencing) y en el diagnóstico genético (Secugen).
  • Link al grupo

 

Estación Biológica Doñana, CSIC (EBD)

  • Función: Validación SNP, población y conservación en genética, comunicación y coordinación
  • Coordinador General e investigador responsable: José A. Godoy
  • Equipo: Mireia Casas-Marce, Fernando Cruz, Juan Miguel González-Aranda, Elena Marmesat and Laura Soriano
  • El grupo ha venido aplicando marcadores moleculares a estudios de ecología, evolución y conservación. Sus estudios cubren una amplia variedad de especies y se centran en la influencia de la demografía y los procesos evolutivos sobre los patrones de variación genética en poblaciones naturales. El grupo ha estudiado algunos de las más emblemáticas especies en peligro de extinción de la fauna ibérica, incluyendo quebrantahuesos, el águila imperial, la alondra de Dupont y el lince ibérico. y el lince ibérico.

    La investigación que desarrollan en la actualidad analiza la dinámica de la variación genética en el lince ibérico a lo largo del tiempo, comparando patrones actuales con los patrones históricos y antiguos, con el fin de entender cómo ha afectado el declive reciente a la genética de la especie. Los análisis genéticos que se están realizando están contribuyendo además a la conservación y la gestión de la especie, a través de convenios de colaboración con las agencias públicas. Además, Godoy es el coordinador del Grupo Asesor de Aspectos Genéticos para el Programa de Conservación Ex-situ del lince ibérico y actúa como coordinador del proyecto del genoma del lince.

 

Genómica Evolutiva, UPF-IMIM

  • Función: Huellas de la selección natural e innovación evolutiva
  • Investigador responsable: M. Mar Albà
  • Equipo: José Luis Villanueva-Cañas
  • Este grupo, perteneciente al Instituto de Investigación Hospital del Mar, perteneciente a la Universidad Pompeu Fabra emplea métodos computacionales para aprender sobre la evolución y las funciones que tienen los genes y el genoma de los mamíferos. Estudian la función de selección positiva en la evolución de los genes codificadores de proteínas y su relación con las adaptaciones fisiológicas. También investigan la aparición de nuevas secuencias de proteínas y genes completos en genomas de mamíferos utilizando la secuenciación del transcriptoma y la genómica comparativa.

 

Primates Genomics Lab, IBE, CSIC-UPF

  • Función: Estructura y variación del número de copias en genética
  • Investigador responsable: Tomàs Marques-Bonet
  • Equipo: Belen Lorente y Javier Prado
  • El estudio de este grupo está centrado en desvelar el grado de polimorfismo estructural dentro del genoma de las especies de grandes simios. El objetivo es lograr una visión completa e integral de las variaciones estructurales que se han producido en la evolución estudiando los cambios en la composición, frecuencia, tamaño y localización de cada punto en el que el hombre diverge de otros primates. Los resultados de estos análisis permitirán evaluar el ritmo de las variaciones genéticas en la evolución de los primates, caracterizar cada región anulada así como de aquellas que han sido copiadas y cuántas veces. También permitirá determinar los patrones de selección y si la diversidad de estos segmentos es coherente con otras formas de variación genética entre los humanos y grandes simios. El grupo ha aportado su experiencia en los análisis del genoma del ser humano, el chimpancé, el gorila, el orangután, así como del hombre de Neandertal y de la Denisova.

 

Biología Computacional Estructural - CNIO

  • Función: Anotación y análisis de elementos transponibles y formas de splicing
  • Investigador responsable: Alfonso Valencia
  • Equipo: Federico Abascal, Michael Tress, José Manuel Rodríguez, Vicor de la Torre
  • El principal interés de nuestro grupo se centra en la comprensión mecanicista de la progresión del cáncer mediante la combinación de métodos moleculares y evolutivos. Nuestra investigación se centra en el problema de la especificidad funcional y las interacciones moleculares selectivas en el contexto de la investigación del genoma del cáncer.

    Los objetivos estratégicos del Grupo de Biología Computacional Estructural son: i) analizar la función, la estructura y las interacciones específicas de proteínas relacionadas con el cáncer, ii) el desarrollo de nuevos métodos y plataformas de software para la extracción, la integración y la representación de los datos genómicos de cáncer, incluyendo el análisis estadístico de la información molecular, genómica, epigenómica y fenotípica en colaboración con los proyectos de genoma del cáncer, y iii), para diseñar la próxima generación de métodos computacionales para la interpretación de la información genómica personalizada del cáncer.

 

Biología Molecular del Cáncer –IUOPA-UO (CNAG)

  • Función: Anotación y análisis del conjunto de enzimas proteolíticas (el degradoma)
  • Investigador responsable: Carlos López-Otín
  • Equipo: Víctor Quesada
  • El trabajo del grupo ha permitido la identificación de más de sesenta nuevos genes humanos y el análisis de sus funciones en la progresión tumoral y en otros procesos normales y patológicos. Además ha contribuido a la notación del genoma humano y de diversos organismos modelo. Estos estudios le han conducido a la introducción de nuevos conceptos como el de degradoma, para definir y analizar de manera global las estructuras y funciones de los genes codificantes de proteasas. De su laboratorio han salido trabajos que han abierto las puertas a importantes vías de investigación para patologías como el cáncer, la artritis o para una decena de enfermedades hereditarias. También es responsable de la secuenciación del genoma del chimpancé.

Idiomas disponibles: Inglés
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